近代中医教育的发展大体可以分为三个阶段。

第一阶段晚清时期，从清同治元年（1862年）京师开设同文馆、太医院教习厅复设医学馆，至光绪末年各地出现的中医社团组织，为官办医学教育延续及民办中医教育之兴起。

第二阶段北洋政府时期，从民国二年(1913年)神州医药总会晋京恳请提倡中医中药、准予另设中医医药专门学校，l925年全国教育联合会议决请教育部明定中医课程并列入医学教育规程案，为我国中医界申请办学立案成功开始。

第三阶段民国时期，从1929年至1949年，那是我国中医界在艰难困苦的历程中坚持学校教育、兴办发展学校教育，闯出了一条教育自立的道路，成为中医近代史光辉篇章之一。

近代中医教育，当然还包括传统的以师带徒教育，其与中医院校教育并存互为补充发展，在近代中医教育史上仍占居一定位置。

光绪24年(1898年)期间，设立医学堂，归大学堂兼辖。变法失败，一切“新政”均被推翻，独京师大学堂获得保存，及至光绪28年(1902年)春张百熙拟《钦定京师大学堂章程》，大学专门分科课目中，医术列于第七，下分医学及药学两目。

京师大学堂为适合医学专门教育需要，旋于1903年规画一医学馆。

光绪33年(1907年)将京师医学馆改为京师医学专门学堂，中西学科肄业，各以深造有得，切于实用为宗旨，其应如何补习普通偏设课程，酌定年限，由学部遴员详议。但由于当时我国无论是中医教育或西医教育，都缺乏办学经验，学部无法具体厘定各门科目教学规程，遂将京师医学专门学堂学生全部送日本学习，朝廷官办中医教育至此暂停。

我国近代史上民间最早出现的中医办学机构，是浙江省瑞安县利济医学堂。利济医学堂创建于清光绪十一年(1885年)，主办人陈虬，字志三，号蛰庐，乐清人，1885年集同志建院于浙江温州府瑞安城东，实欲借学堂为造就人材之地(LinQianliang Early Traditional Chinese Medical schools inModern China. Chinese Journal of MedicalHistory,1980,10(2):90.林乾良：我国近代早期的中医学校，中华远史杂志，1980，10(2）：90)。

1912年医学求益社改名医学卫生社，宗旨更加明确；“联络医界团体，振兴医务教育”。(TeachingMaterials of Guangdong Medicine and BeneficenceAssociation Guangzhou Shigi Puhuaiyi Guandong YamianEdition,1914.广州医学求益社卷，广州十七甫怀驿关东雅面印本，1914),1917年该社衍生“广东中医教员养成所”，1918年原求益社同人又创办“广东医学实习馆”，直至1924年，全部归并入广东光汉中医专门学校。由此可见，近代中医院校实际上诞生于中医药社团组织，而中医药社团组织为谋求自身集团利益又必须创办发展自己的教育事业，培养一批能为该集团利益服务的专门人才。