五腧穴与阴阳五行的配属，早在《灵枢·本输》中就指出，六阳经井属金，荥属水，输属木，经属火，合属土；五阴经井属木，荥属火，输属土，经属金，合属水，但还缺少了手少阴心经五腧穴，其后由《针灸甲乙经》补全。《难经·六十四难》指出：“阴井木、阳井金；阴荥火、阳荥水；阴俞土，阳俞木；阴经金，阳经火；阴合水，阳合土”。这样就补全了五腧穴的阴阳五行属性，如表14、15所示。

从表14、15可看出，所有五腧穴的排列顺序都是五行相生的母子关系。所有阳经五腧穴所属的五行都是克制相应的阴经五腧穴的所属五行。《难经·六十四难》解释说：“是刚柔之事也。阴井乙木，阳井庚金。阳井庚、庚者，乙之刚也；阴井乙，乙者，庚之柔也。”刚柔之事即是刚柔相济、阴阳相合的意思。五脏为柔、六腑为刚；阴经的井、荥、输、经、合各穴属阴，阳经的井、荥、输、经、合各穴属阳；阴经五腧穴所属的五行与阳经五腧穴所属的五行虽然相克，但由于刚柔相济，也可以相合。如阳井庚金，庚就是乙之刚，阴井乙木，乙就是庚之柔，因此乙与庚不是相克，而是相合。